Technika enteroskopii dwubalonowej polega na wprowadzeniu enteroskopu zakończonego balonem, i specjalnej tuby (overtube) wprowadzanej razem z enteroskopem w środku i później wycofywanej, również wyposażonej w balon.
W tradycyjnej enteroskopii wprowadzenie aparatu do jelita cienkiego i dokładne obejrzenie wnętrza jelita cienkiego jest utrudnione lub uniemożliwione przez tworzące się pętle tego odcinka przewodu pokarmowego.