Im Bereich der Geschlechtsidentitätsstörung handelt es sich nicht immer um die Diagnose Transsexualität, und daher ist eine präzise Differentialdiagnostik noch vor geschlechtsangleichenden Schritten erforderlich.
Auch das Fühlen im falschen Geschlecht (Geschlechtsidentitätsstörung) oder die fehlende Identifikation mit Gleichaltrigen kann eine Identitätskrise zur Folge haben.